Anemone, gadis yang telah kehilangan ayahnya dalam pertempuran di Tokyo tujuh tahun lalu, hanya meninggalkannya boneka Gulliver mainnya, dan AI yang memiliki emosi, Dominikids. Sekarang ia menjadi salah satu kunci dari unit eksperimen “Acid” untuk melawan Eureka Seven yang telah membunuh 2,6 miliar orang.