Mobile Suit Gundam NT menceritakan dunia setelah Laplace Box dibuka dan rahasia Newtype terbongkar, namun tidak ada perubahan yang berarti di dunia. Sisa pasukan Neo Zeon sudah musnah dan pertempuran antara 2 Psycho Frame misterius dilupakan oleh publik. Namun RX-0 Unicorn 03, yang dilaporkan menghilang dua tahun lalu kembali muncul. Sekarang Mobile Suit tersebut dijuluki Phenex, sang burung abadi.