Pada tahun 2015, para malaikat berukuran besar dan sangat kuat, mesin perang alien, muncul di Tokyo untuk kedua kalinya. Satu-satunya harapan bagi kelangsungan hidup umat manusia adalah Evangelion, mesin tempur humanoid yang dikembangkan oleh NERV,sebuah lembaga khusus PBB. Kelemahan Evangelion, yaitu terbtasnya jumlah orang yang mampu untuk mempiloti mereka.