Saat mengemudi bersama Jack Atlas dan Crow Hogan, tiba-tiba saja Yusei ditantang oleh Paradox, duelist misterius dari masa depan dan mencuri Stardust Dragon milik Yusei. Kemudian dia menghilang menuju masa lalu. Karena kemunculan Stardust di masa lalu, masa depan menjadi berubah dan Neo Domino City mulai menghilang. Dengan bantuan Crimson Dragon, Yusei pergi melewati waktu dan bertemu dengan Judai serta Yugi. Yusei meminta pertolongan kepada mereka untuk menyelamatkan masa depan dari ancaman Paradox.